La sede incial de la Fundación se encontraba en el antiguo Convento de Santa Clara de Sevilla, restaurado e inaugurado en el año 2010 como Centro Cultural. Provisionalmente disponía de un pequeño despacho en el patio central. En la segunda fase de la obra de Santa Clara estaba previsto que se restaurase un edificio situado a la entrada del compás donde estaría la ubicación definitiva de la Fundación y del archivo del escritor.
Para la sede definitiva de la Fundación había un proyecto de museo donde se iban a exponer al público los principales documentos del Archivo de la Edad de Plata de Rafael Cansinos Assens.
En 2011, tras las elecciones municipales de mayo y la entrada de un nuevo gobierno, todo este proyecto se canceló sine die. En 2013, siendo nuevo Alcalde Juan Ignacio Zoido, del Partido Popular, la delegada de Deportes y Cultura del Ayuntamiento sevillano, María del Mar Sánchez Estrella, dio los pasos necesarios para que la Fundación ARCA saliera de Sevilla, cerrando definitivamente la sede del Convento de Santa Clara.
Desde 2014 la sede de la Fundación está en Alcobendas (Madrid) en un espacio cedido por la familia del escritor.