La Fundación Archivo Rafael Cansinos Assens se rige por un Patronato, que ejerce como órgano de representación, gobierno y administración, un Presidente, un Vicepresidente y un Director gerente. Además, está constituyendo un Comité, compuesto por reconocidas personalidades del mundo cultural sevillano, que actúe como órgano asesor.
El primer Patronato de la Fundación estuvo constituido por las siguientes personas y entidades.
- Presidente: Juan Manuel Bonet
- Vicepresidente: Jacobo Israel Garzón
- Secretario y director gerente: Rafael Manuel Cansinos
- Excelentísimo Ayuntamiento de Sevilla (Presidente Honorario)
representado en 2021 por Antonio Muñoz Martínez (PSOE). No tiene voto al no haber resuelto los tramites que exige el Ayuntamiento de Sevilla para su representación.
Esta institución, non grata, va a ser suprimida del Patronato.
- Juan Manuel Bonet
- Jacobo Israel Garzón
- Alberto González Troyano
- Marcos Ricardo Barnatán
- Isabel Tuda Rodríguez
El Patronato de la Fundación se rehizo en 2022, siendo inscrito en el Ministerio de Justicia en enero de 2024:
En la reunión del patronato celebrada el 20 de julio de 2022 se acordó:
- César a todos los Patronos del primer Patronato, agradeciéndoles los servicios prestados.
- Suprimir del Patronato al Excelentísimo Ayuntamiento de Sevilla por su comportamiento miserable con la Fundación, utilizada por el grupo socialista (PSOE) con fines propagandísticos, incumpliendo todos los acuerdos, y posteriormente expulsada de Sevilla por el Partido Popular (PP). Desde 2012 el Ayuntamiento de Sevilla ignoró a la Fundación, creándole un serio problema de funcionamiento.
En la reunión se nombró un nuevo Patronato familiar para relanzar la Fundación como entidad con apoyos únicamente privados, quedando constituido con el siguiente
Órgano de Gobierno:
- Presidente: Juan Manuel Bonet
- Secretario y director gerente: Rafael Manuel Cansinos